Marka Apple kontroluje wszystkie aplikacje, które trafiają do AppStore. Dzięki temu zmniejsza się prawdopodobieństwo pojawienia się wirusów i szkodliwych oprogramowań. Niestety w związku z tym sklep zamyka się na niektóre z nowych rozwiązań. Użytkownicy iPhonów nie mają też możliwości korzystania z technologii Flash, która wciąż jest wykorzystywana na wielu stronach internetowych. W przypadku systemu Android aplikacje, które trafiają do Marketu nie są w żaden sposób sprawdzane, istnieje zatem niebezpieczeństwo instalacji złośliwego oprogramowania.
Użytkownicy mogą jednak zabezpieczyć się przed wirusami poprzez instalację programu antywirusowego. W AppStore obecnie jest ponad 400 000 aplikacji, a w Android Markecie ponad 200 000. Jednak w przypadku tego drugiego sklepu liczba aplikacji systematycznie rośnie. Zarówno w przypadku pierwszego jak i drugiego sklepu aplikacje tam dostępne są do siebie bardzo podobne i mają podobną funkcjonalność. Użytkownicy iPhonów muszą jednak zapłacić za większość najlepszych aplikacji, podczas gdy ponad połowa aplikacji na Androida jest bezpłatna.